Marvel Ultimate Alliance 3 nos cuenta una nueva historia con héroes del mundo Marvel. Todo empieza cuando los Guardianes de la Galaxia descubren una misteriosa fuerza en una nave oculta en un asteroide. Obviamente, no se iban a quedar con los brazos cruzados ante esta situación, por lo que deciden explorar para ver qué rayos se esconde ahí. Después de sortear varios peligros y vencer a un montón de enemigos descubren que el lugar aloja las Gemas del Infinito. Al inicio, todos sienten como si se hubieran ganado la lotería, pero no tiene que pasar mucho tiempo para que descubran que The Black Order está detrás de las Gemas para entregarlas a Thanos.